A ocupação da região teve início por volta de 1873, às margens do rio Camanducaia, com a chegada de várias famílias provenientes de Amparo e Bragança Paulista, atraídas pela qualidade das águas do rio e pela fertilidade do solo. Nesta época, por iniciativa de Teodoro de Assis, foi construída a capela do Senhor Bom Jesus em um terreno doado por Lourenço de Godoy. As primeiras casas começaram a ser construídas ao redor da capela pelo capitão José Inácio Teixeira. Com o passar dos anos, o povoado passou a ser conhecido como Bairro da Capelinha e, posteriormente, como Bairro dos Farias.
Em 5 de março de 1887, através da Lei provincial nº 15, o povoado foi elevado a condição de distrito do município de Amparo com o nome de Bom Jesus de Monte Alegre, em homenagem ao padroeiro e à topografia da região. Nessa época, muitas melhorias foram implantadas, tais como: sub-delegacia de polícia, escola municipal, agência postal, etc.
Em 1890, foi inaugurada em Monte Alegre uma estação da Companhia Mogiana de Estradas de Ferro, propiciando maior desenvolvimento para a região e atraindo novos moradores. Em seguida foram implementados os os serviços de luz elétrica e telefone.
Em 30 de novembro de 1944, devido a existência de localidades com o mesmo nome, o distrito de Monte Alegre, passou a se chamar Ibiti (Decreto-lei Estadual nº 14334).
Em 24 de dezembro de 1948, através da Lei Estadual nº 233, o distrito foi elevado à categoria de município com o nome de Monte Alegre do Sul, desmembrado de Amparo. A instalação do município ocorreu em 31 de janeiro de 1949.
Em 1964, Monte Alegre do Sul foi elevada à categoria de Estância Hidromineral, devido a qualidade de suas águas, esta condição recentemente foi alterada para Estância Turística.
Em 28 de fevereiro de 1964, através da Lei Estadual nº 8092, foi criado e incorporado ao município o distrito de Mostardas.
