Os primeiros alicerces da colonização da região remontam aos princípios do século XVII. Quando era extraordinária a quantidade de colonizadores pretendendo terra na zona cortada pelo caminho que ligava o litoral às minas de Goiás. Requeridas as Sesmarias, localizada à margem da estrada referida, eram logo concedidas e assim, penetravam léguas e léguas pelo sertão adentro. A primazia de posse legal de terrenos no território, que agora constituem as Estâncias de Lindóia e Águas de Lindóia, coube a Manoel de Castro, portador da concessão de uma Sesmaria datada de 09 de agosto de 1728, no ribeirão de Água Quente.
A estrada para as minas de Goiás atravessava aquela zona seguindo pelo espigão do Morro Pelado, rumo a Mogi Mirim. Esta doação aparece à página do livro nº 3 de SESMARIAS ANTIGAS, arquivado na repartição de estatística do Estado e está assim concedida: Antônio da Silva Caldeira Pimentel do Conselho de sua majestade governador e capitão general da capitania de São Paulo, minas do Paranapanema do Cuiabá e Guayanazes, etc. Faça saber aos que esta minha carta de sesmaria virem que tenho consideração ao que por sua petição me enviou a dizer Manoel de Castro, morador nesta Praça de Santos, que ele se achava com alguns escravos, e com eles queria fazer suas lavouras, e roças em caminho do sertão das novas minas dos Guayanazes em a paragem do ribeirão chamado água Quente, adiante do rio Cezar indo povoado, cujas terras por ser desertas se achavam em direito senhorio, por quanto de sua cultura se seguia grande utilidade para melhor estabelecimento daquelas minas e pelo acréscimo dos dízimos, pedindo-me- lhe fizesse mercê conceder em nome de sua Majestade uma légua de terra em quadra na referida paragem do ribeirão de Água Quente indo para as ditas Minas de uma e outra parte do dito ribeirão, ficando-lhe este em meio fazendo pião onde for sua passagem.
A 28 do mesmo mês e ano foi feita outra doação, ligava à que mencionamos acima, sendo outorgada ao Sargento Mor Manoel Gonçalves Aguiar, também residente na cidade de Santos.
As primeiras construções, anteriores às de Manoel de Castro, foram feitas pelos Bandeirantes, para servirem de pouso nas suas caminhadas rumo às novas minas do Sertão Guayanazes. A tradição afirma que a região naqueles tempos, constituía território de ferocíssima tribo indígena. Vestígios desta civilização indígena, estão sendo encontrados, através de escavações como provam diversos instrumentos feitos em pedra de posse de moradores. O próprio nome da região, depois tomado pelo município, foi dado pelos índios e seu significado, segundo o Dr. Joaquim da Silva Mello é o seguinte: Lindóia é corruptela das Palavras tupy Rindoya e Rindheio. No alfabeto tupy não existia a letra L e o R , o mesmo no começo das palavras tem som brando. A substituição Ldeve ser de influência lusitana. Lindoya ou Rindoya significa rio que não extravasa De Ri (água, ribeirão, rio) ND (sem significado) é uma intercalação, por nasal o som hi e y por anteceder um verbo neutro . Oia (3ª pessoa do indicativo do verbo ya, caber não sair de sua capacidade, conter . Literalmente: Rindoya, rio que não sai de sua capacidade ou que se contém : Lindóia ou Rindheio significa água insípida e quente ao paladar DE RI (Água) ND (insípida), HIO (sensação de quentura na boca).
As duas interpretações são deveras interessantes e não se pode afirmar qual das duas é mais acertada. Permaneceu estacionária por muitos anos a região, até 1820, quando alguns imigrantes portugueses e espanhóis, oriundos de Atibaia - Bairro da Guardinha, se desentenderam com o Governador da Capitania de São Paulo, e fugiram, se fixando às margens do Cezar. Segundo a história contada pelos antigos, estas famílias eram: Franco, Godoy, Alves, Souza, Almeida e Domingues.
Dos documentos antigos constam que Manoel Alves de Almeida, criou um índio batizado pelo nome de Salvador Domingues de Almeida, fundando-se latifúndios as margens esquerda do Rio do Cezar, depois chamado Rio do Peixe, por ser muito piscoso. Construiu aí algumas residências e plantou suas lavouras. Consta ainda que Salvador Domingues de Almeida casou-se com Candida e desse casamento teve muitos filhos, sendo que uma filha por nome de Anaesméria, casou-se com Joaquim Franco de Godoy, doador das terras para construção da Igreja de Nossa Senhora das Brotas, que recebeu está homenagem, por ser esta região riquíssima quantidades de brotas de água.
No início o pequeno povoado recebeu o nome de brotas do rio do Peixe, conforme documentos datados de 1869 e 1870. Com a construção do ramal férreo da Cia. Mogiana, de Serra Negra em 1890, a região adquiriu um canal para escoamento de sua produção agrícola. Em 1895 foi criado o distrito policial de Lindóia subordinado ao de Serra Negra. No dia 10 de Março de 1898 a Cúria Metropolitana de São Paulo instalava a Paróquia de Nossa Senhora das Brotas do Rio do Peixe, cujo o primeiro Pároco foi o Padre Jacinto Mastrange seguido pelo Padre Henrique Tozzi, tio do Dr. Tozzi Fundador das Termas de Lindóia, hoje Águas de Lindóia.
Com a construção de inúmeros prédios e outros melhoramentos urbanos trouxeram como conseqüência, a elevação da localidade à categoria de distrito de paz da Comarca de Serra Negra, por Lei nº. 639 de 29 de junho de 1899, no Governo do Presidente do Estado Cel. Fernando Prestes de Albuquerque. No ano seguinte, isto é, em 23/02/1900, foi instalado o cartório de Registro Civil e Anexo, criado no dia 29/07/1899, cujo o 1º escrivão foi José Antonio do Nascimento, o 2º Agenor do Nascimento, o 3º Francisco Pinto da Cunha Júnior, 4º Sebastião de Souza Nino, 5º Benjamin de Godoy Bueno de 1924 a 1968. Dinorah Gomes Godoy e Candida Maria de Jesus, nascida em 20/02/1900. O 1º Sub-Prefeito do distrito de Lindóia, foi o Cel. Estevam Franco, tendo ocupado esse cargo os senhores Olegário Domingues de Godoy, Joaquim Roque de Almeida, Benedito Correia e Silva, cujo o chefe político era o tenente Coronel José Roque de Moraes. O cargo de Sub-Delegado foi ocupado, pelos senhores, Luiz Alves de Godoy Moreira, Olegário Domingues, João Eliza de Toledo, Antonio Basílio de Almeida, Benedito de Souza Godoy, Bento Faria e Elisiario Ferreira de Paiva, Jacinto de Godoy Moreira e Benedito Alves Primo. O Cemitério Municipal foi inaugurado em 16/01/1899, cujo o primeiro sepultamento foi feito em 23/01/1899 - pessoa falecida Porfírio - causa morte lombriga. Após a proclamação da República, os primeiros eleitores do distrito de Lindóia, que votavam em Serra Negra, em nº. 209 eleitores. O Partido dominante era o P.R.P. Vereadores a Câmara de Serra Negra Tenente Coronel José Roque de Moraes, Joaquim Raimundo de Souza, Olegário Domingues de Godoy e Farmacêutico Humberto Amaral. Na década de 1920, o chefe político da Comarca era o Sr. Francisco Pinto da Cunha, que foi derrotado pela Aliança Liberal de Getúlio Vargas. Nesse período crescia pelo trabalho brilhante do Dr. Francisco Tozzi, às Termas de Lindóia, que fazia parte do Distrito de Lindóia. Com a comercialização de Água de Lindóia, pelo então Dr. Tozzi, Lindóia tornou-se conhecida em todo o Brasil e no mundo. Em 1921 teve inicio a construção da estrada ligando Lindóia, ao bairro da Água Quente, depois termas de Lindóia.
Em 1921 Lindóia recebeu a visita do Governador Washington Luís, que veio visitar as obras. Outros melhoramentos sucederam como as ligações com Serra Negra e Itapira. A construção da Usina das Cotas foi outra conquista.
O Dr. Tozzi alinhou-se politicamente ao lado do Dr. Firmino Cavenaghi, que fazia oposição ao Dr. Jovino Silveira, sendo chefe político do distrito de Lindóia o Farmacêutico Humberto Amaral. Com o falecimento do Dr. Tozzi sucedeu-lhe seu genro Dr. Vicente Rizzo, que continuou sua incansável luta. Através do general Silva Júnior, Macedo Soares, o então Governador Ademar de Barros, através do Decreto nº 9731 de 16 de novembro de 1938, cria a Estância Hidromineral de Lindóia.
Em 1953 numa campanha, comandada pelo Deputado Narciso Peroni, foi transferida a sede de Lindóia para a Thermas de Lindóia - com a denominação de Estância Hidromineral de Águas de Lindóia, passando Lindóia a ser simplesmente Distrito de Paz. Em 1965 pela Lei nº. 8092, Lindóia adquiriu a sua emancipação Política Administrativa.
Em 1970 no dia 29 de maio pelo decreto 229, foi Lindóia instituída em Estância Hidromineral, condição que perdeu ao ser transformada em Turística para obter autonomia eleitoral, mais graças ao trabalho do Deputado Manteli Neto, a partir de 9 de maio de 1986, voltou a condição de Estância Hidromineral, com lei sancionada pelo Governador Franco Montoro.
No decorrer de século XIX, em gleba doada pelo Coronel Estevam Franco de Godoy, considerando fundador da Estância, foi erguida uma capela em homenagem a Nossa Senhora das Brotas, título dado à Virgem Maria pela abundância, na região, de nascentes d’água chamadas “brotas”. No início o pequeno povoado recebeu o nome de Brotas do Rio do Peixe, conforme documentos datados de 1869 e 1870. Com a construção da ramal férreo da Companhia Mogiana, de Serra Negra, em 1890, a região adquiriu um canal para escoamento de sua produção agrícola. Em 1895 foi criado o distrito policial de Lindóia, subordinado ao de Serra Negra. No dia 10 de Março de 1898 a Cúria Metropolitana de São Paulo instalava a Paróquia de Nossa Senhora das Brotas do Rio do Peixe.
Em 29 de julho de 1899, foi criado no município de Serra Negra o Distrito de Paz de Lindóia com a mesma divisa da Paróquia. O Decreto nº 9.731 de 16 de novembro de 1938 eleva o Distrito de Lindóia a categoria de Município e Estância Hidromineral, ao passo que o Bairro das Águas Quentes, hoje município de Águas de Lindóia, passou a ser Distrito do novo Município, sob a designação de Thermas de Lindóia. A partir daí o Distrito de Thermas de Lindóia intensificou o seu desenvolvimento e os políticos lindoianos da época, permitiram que a sede do Município fosse transferida de Lindóia para o núcleo das Thermas, já com o nome de Águas de Lindóia. Deste modo, em 1953, Lindóia voltou a ser Distrito, desta vez de Águas de Lindóia,. Inconformadas, as lideranças políticas locais iniciaram um movimento de emancipação que veio a ocorrer somente depois de dez anos, pelo Decreto nº 8.050, de 31 de Dezembro de 1963.
Em 21 de Março de 1965 foi novamente instalado o Município de Lindóia, para grande júbilo de seu povo.
